El cogobierno de la UNR está conformado por el Rector y el Consejo Superior. El Rector es elegido por la Asamblea Universitaria -constituida por todos los miembros del Consejo Superior y de los Consejos Directivos de las doce facultades- y su mandato se extiende por cuatro años, con una sola posibilidad de reelección.  

El Consejo Superior está integrado por el Rector, los doce decanos en representación de las facultades, doce consejeros docentes, ocho consejeros estudiantiles, dos consejeros graduados y dos consejeros no docentes. 

Cada facultad, en tanto, está gobernada por el Decano y el Consejo Directivo, que está compuesto por diez consejeros docentes, ocho de los estudiantes, un consejero graduado y otro en representación de los no docentes, elegidos por votación de sus respectivos pares. El estatuto donde se establecen las bases de la UNR fue aprobado en 1998, luego reformado en 2001, 2007 y 2020 y puede ser consultado haciendo clic aquí.